โรคกรดไหลย้อน เป็นอีกหนึ่งโรคที่ถูกกระตุ้นให้เกิดอาการจากบุหรี่ได้ โดยเฉพาะอาการแสบร้อนกลางหน้าอก ซึ่งมีสาเหตุที่ทำให้เกิดได้ ดังนี้ การสูบบุหรี่ทำให้ผลิตน้ำลายได้น้อยลง ทำให้รู้สึกปากแห้ง น้ำลายข้นหนืด โดยปกติน้ำลายจะเป็นตัวเคลือบหลอดอาหารช่วยลดความเป็นกรดที่ย้อนขึ้นมาจากกระเพาะได้ แต่ในคนที่สูบบุหรี่จะมีน้ำลายน้อยลง ทำให้เมื่อเกิดอาการกรดไหลย้อน หลอดอาหารจะระคายเคืองได้ง่ายและเมื่อเกิดแผลแล้วมักหายยากด้วย การสูบบุหรี่กระตุ้นการหลั่งกรดในกระเพาะอาหาร การหลั่งกรดในปริมาณที่มากเกินไปสามารถทำให้เกิดกรดไหลย้อนได้ การสูบบุหรี่ทำให้กล้ามเนื้อหูรูดหลอดอาหารส่วนปลายอ่อนแรงและคลายตัว​ กล้ามเนื้อหูรูดนี้ตั้งอยู่ระหว่างหลอดอาหารกับกระเพาะ หากหูรูดมีการคลายตัวผิดปกติแล้ว จะทำให้เกิดการไหลย้อนของกรดและอาหารจากกระเพาะอาหารขึ้นมาสู่หลอดอาหารได้ การสูบบุหรี่ทำให้กรดในกระเพาะมีความรุนแรงมากขึ้น​ เนื่องจากบุหรี่จะกระตุ้นให้เกลือน้ำดีจากลำไส้เล็กไหลเข้าสู่กระเพาะอาหาร อาจทำให้เนื้อเยื่อกระเพาะ หลอดอาหาร และลำไส้เล็กส่วนต้นถูกทำลายได้ง่ายขึ้น การสูบบุหรี่ทำลายหลอดอาหารได้โดยตรง เพิ่มความเสี่ยงต่อการเป็นมะเร็งหลอดอาหารมากขึ้นด้วย การสูบบุหรี่ทำให้ย่อยอาหารช้าลง เพราะบุหรี่ไปยับยั้งการหลั่งกรดที่สำคัญของกระเพาะ รวมถึงทำให้หลอดเลือดที่กระเพาะและลำไส้เล็กตีบแคบลง ทำให้เลือดไหลเวียนไม่ดี ส่งผลต่อการย่อยอาหาร อาหารจึงค้างอยู่ในกระเพาะนานขึ้น เกิดอาการกรดไหลย้อนตามมาทีหลังได้ ผลของการสูบบุหรี่ต่อระบบทางเดินอาหาร กลไกลการย่อยอาหารเริ่มตั้งแต่ปากจนถึงลำไส้ใหญ่ ซึ่งบุหรี่ก็มีผลต่ออวัยวะเกือบทุกส่วนในร่างกาย ทำให้การทำงานของระบบต่างๆ ผิดปกติไป